Đức Giáo hoàng Grêgôriô IX tên thật là Ugôlinô di Conti, sinh tại Anagni miền Latium, nước Ý. Ngài là cháu của đức Innôcentê III, thuộc gia đình công tước Segni, lên ngôi Giáo hoàng ngày 19-3-1227, khi đã gần 80 tuổi. Tiếp nối truyền thống của đức Grêgôriô VII và của đức Innôcentê III là chú ruột. Tiếp tục chiến đấu để bảo vệ quyền bính của Giáo hoàng phải đương đầu với những ngang ngược của vua Frêđêric II, ngài tỏ ra rất kiên quyết và nghiêm khắc, khiến Frêđêric rất e dè, ông ta mong đợi cái chết của ngài như một sự giải thoát. Ngài ra vạ tuyệt thông cho Frêđêric II hai lần: lần đầu vào năm 1227, vì nhà vua đã làm chậm trễ cuộc tiến quân của cuộc Thập tự chinh lần thứ sáu, viện cớ bệnh dịch đã làm hao tổn đoàn quân. Sau sự kiên này, Frêđêric thực hiện cuộc xâm lược các lãnh địa của Giáo hoàng vào năm 1228, nhưng không thành công, phải cầu hòa, xin được tha vạ tuyệt thông. Lần thứ hai vì nhà vua không giữ lời hứa phải rời khỏi vương quốc Sicilia, bởi không muốn từ bỏ ngai vàng, nên đã gây ra những cuộc chiến đẫm máu giữa hai nhóm Guelfe và Gibélin trong vương quốc.

Là một luật sư rất có tài, ngài đã cho tập hợp năm 1234 quyển Nova Compilatio Decretalium có giá trị như một sắc lệnh. Bộ sách này là điểm khởi đầu của Acta Apostolicae Sedis (bộ văn kiện của Tòa Thánh) khởi đầu dưới giáo triều của Piô X. Ngài miễn cho các tu sĩ dòng Phanxicô bổn phận dâng lễ với các nghi thức dài dòng, bằng cách biên soạn cho họ một bộ sách nguyện và nghi thức mang tên là “các giờ kinh phụng vụ”. Ngài có công phát triển đại học Rôma bằng cách cho đại học này quyền tự trị, được hưởng nhiều ưu đãi như những đại học ở Paris và đã phong thánh cho Phanxicô Assisi, Antôn Pađua và Đôminicô Guzman. Ngài qua đời ngày 22-8-1241 khi gần được một trăm tuổi.