Đức Bônifaciô IX sinh tại Napôli, nước Ý khoảng năm 1356, tên thật là Pierre Tomaselli, ngài được bầu lên ngôi Giáo hoàng ngày 2-11-1389 và đăng quang ngày 9-11-1389.

Là một vị Giáo hoàng  hiền lành dễ mến, trái hẳn với đức Urbanô VI, ngài cố gắng tìm lối quyết tình trạng chia rẽ của Giáo hội bằng cách tạo ra một thỏa ước với ngụy Giáo hoàng Clêmentê VII và đặt mối tương quan ngoại giao với Carôlô VI, vua nước Pháp nhưng không có kết quả. Tình trạng càng khó khăn hơn khi Clêmentê VII qua đời ngày 16-9-1394, một cuộc bầu chọn Giáo hoàng diễn ra ở Avignon, qua đó Hồng y Pedro de Luna, người Tây Ban Nha lại được bầu làm Giáo hoàng ngày 11-10-1394 với danh hiệu là Bênêđictô XIII. Ngụy Giáo hoàng này chống đối Rôma mạnh mẽ hơn Clêmentê VII vì cho rằng, ông chính là Giáo hoàng hợp pháp và từ chối mọi hình thức hòa giải.

Một khó khăn khác vào thời điểm ngài khai mở Năm Thánh 1400, đông đảo dân chúng đổ xô đến Rôma hành hương, khiến thành phố này bị ô nhiễm khiến một trận dịch bệnh xảy ra giết hại nhiều người.

Sự xung đột giữa Rôma và Avignon ngày càng gia tăng. Đàng khác, qua dịp Năm Thánh, ngài đã phạm những sai lầm đáng tiếc về việc buôn thần bán thánh, mua bán những Ân sủng để thu những món tiền rất lớn. Ngài cũng bán nhiều phẩm chức cho những kẻ bất xứng, hám danh, điều đó càng làm cho nhóm ủng hộ ngụy giáo hoàng ở Avignon tấn công giáo triều Rôma hơn nữa.

Trong nhưng công trình của đức Bonifaciô IX, chúng ta nhận thấy ngài đã lo việc tu bổ lâu đài Thiên Thần (Saint-Ange) ở Rôma và thành lập đại học Ferrare. Ngài qua đời ngày 1-10-1404, được chôn cất tại Vương Cung Thánh Đường Thánh Phêrô.